1、產權關系不同。加盟連鎖（特許連鎖）是獨立主體之間的合同關系，各個特許加盟店的資本是相互獨立的，與總部之間沒有資產紐帶；而直營連鎖店都屬于同一資本所有，各個連鎖店由總部所有并直接運營、集中管理。這是加盟連鎖與直營連鎖最本質的區(qū)別。特許經營總部由于利用他人的資金迅速擴大產品的市場占有率，所需資金較少。相比之下，直營連鎖的發(fā)展更易受到資金和人員的限制。

2、法律關系不同。加盟連鎖（特許連鎖）中特許人（總部）和被特許人（加盟店）之間的關系是合同關系，雙方通過訂立特許經營合同建立起關系，并通過合同明確各自的權利和義務。而直營連鎖中總部與分店之間的關系則由內部管理制度進行調整。

3、管理模式不同。加盟連鎖（特許連鎖）的核心是特許經營權的轉讓，特許人（總部）是轉讓方，被特許人（加盟店）是接受方，特許經營體系是通過特許者與被特許者簽訂特許經營合同形成的。各個加盟店的人事和財務關系相互獨立，特許人無權進行干涉。而在直營連鎖經營中，總部對各分店擁有所有權，對分店經營中的各項具體事務均有決定權，分店經理作為總部的一名雇員，完全按總部意志行事。

4、涉及的經營領域不完全相同。直營連鎖的范圍一般限于商業(yè)和服務業(yè)，而加盟連鎖（特許連鎖）的范圍則寬廣得多，除商業(yè)、零售業(yè)、服務業(yè)、餐飲業(yè)、制造業(yè)、高科技信息產業(yè)等領域。